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For this reason, timetrees displayed in the Tree Explorer have the outgroup cluster compressed and grayed out by default to promote correct scientific analysis and interpretation.

In the Tree Explorer , users will be able to display another set of numbers at internal tree nodes that correspond to the proportion of positions in the alignment where there is at least one sequence with an unambiguous nucleotide or amino acid in both the descendent lineages; see figure 5 in Filipski et al.

This metric is referred to as minimum data coverage and is useful in exposing nodes in the tree that lack sufficient data to make reliable phylogenetic inferences.

For example, when the minimum data coverage is zero for a node, then the time elapsed on the branch connecting this node with its descendant node will always be of zero, because zero substitutions will be mapped to that branch Filipski et al.

This means that divergence times for such nodes would be underestimated. Such branches will also have very low statistical confidence when inferring the phylogenetic tree.

So, it is always good to examine this metric for all nodes in the tree. These upgrades make the seventh version of M ega more versatile than previous versions.

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Mol Biol Evol 31 : — Tree of life reveals clock-like speciation and diversification. Mol Biol Evol 32 : — M ega-cc : computing core of molecular evolutionary genetics analysis program for automated and iterative data analysis.

Bioinformatics 28 : — M ega : molecular evolutionary genetics analysis software for microcomputers. Comput Appl Biosci. Nucleic Acids Res. Saitou N Nei M.

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A simple algorithm to infer gene duplication and speciation events on a gene tree. Bioinformatics 17 : — Oxford University Press is a department of the University of Oxford.

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2 comments

  1. Zolozragore

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    Ja, wirklich. So kommt es vor. Geben Sie wir werden diese Frage besprechen.

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